セブ留学で滞在する学校はそれぞれ衛生面にはかなり気をつけています。基本的に食事は学校から提供されますので、病気になる可能性は日本で生活するのとそれほど変わりないと思います。
ただ、お腹をこわすことはどなたも一度位は経験するようです。やはり食べ物絡みが多く、学校での食事ではまず問題ないのですが、主に外食などでおなかをこわす方が多いようです。また、フィリピン人はクーラーが大好きで、飲食店、デパート、タクシーなど公共の場は考えられないくらい寒いです。当然外は暑いのでその気温との差に風邪をひく方もいらっしゃいます。その際セブ島にも風邪薬や頭痛薬はありますが成分比率が濃く効きすぎるので、日本の風邪薬や頭痛薬くらいは持参していった方がいいでしょう。後、男性の方は特にですが、フィリピン人と恋に落ちそういった関係になる際に避妊具は持参し必ずつけましょう。2014年3月フィリピン国内でのエイズウィルス（HIV）の新規感染者は498人/1ヶ月でした。この数は過去最高だった2013年10月の491人/1ヶ月を超えて過去最高を更新しました。ちなみに日本は３６人/1ヶ月です（85％が男性）
性交渉をするときはしっかり避妊具を必ずつけましょう。
フィリピンに限らず熱帯地方に旅行するときに気をつけるべきことは、マラリアやデング熱が一部蚊の多い地域で罹患することがあることです。とくに都市部から旅行に出られるときど、蚊の多い場所に来たときは虫よけをかならず使うなどしてなるべく刺されないようにして下さい。
最近の日本では「蚊がいなくなるスプレー」なるものが売っています。部屋にシュッと一吹きするだけで「見えない蚊帳」ができるスグレモノです。吹いた途端にバタバタと蚊が落ちていきます。しかも、蚊だけでなく他の虫にも効きます。一吹きで一晩保ち、大きさもキンチョールのような大きなものでなく握りこぶし弱くらいの大きさなので、旅行には最適です。
予防接種を事前に受けてきたほうがいいか学生さんから質問を受けることもあるのですが、受けないよりかは受けた方が良いです。ただ、アフリカ地域のような事前の予防接種はフィリピンには必要は無いかと思います。
